جمهوری خودمختار نخجوان (به ترکی آذربایجانی: (ناخچیوان موختار رِسپوبلیکاسی) Naxçıvan Muxtar Respublikası ) بخشی از جمهوری آذربایجان است که مرکز آن شهر نخجوان است. شهر نخجوان ۱۲ کیلومتر مربع وسعت دارد و کل جمهوری از ۸ شهر، ۸ شهرستان و در حدود ۲۰۳ روستا تشکیل شده‌است.
در ۹ فوریه سال ۱۹۲۴ میلادی نخجوان به صورت جمهوری خودمختار تأسیس شد.
این جمهوری خودمختار در جنوب قفقاز و شمال رود ارس واقع شده و از شمال و مـشرق مــحدود بــه جــمهوری ارمنستان از جنوب محدود بــه ایران و از غرب محدود به ترکیه است.
طول مرزهای این جمهوری با «جمهوری ارمنستان» ۲۲۴ کیلومتر، «جمهوری اسلامی ایران» ۱۶۳ کیلومتر و «جمهوری ترکیه» ۱۲ کیلومتر است. مساحت این جمهوری خودمختار ۵۵۰۰ کیلومتر و شمار اهالی آن در سال ۱۹۸۳ میلادی بالغ بر ۲۵۷۴۰۰ نفر و در سال ۲۰۰۱ میلادی تقریباً بالغ بر ۴۰۰ هزار نفر تخمین زده شده‌است
تاریخ نخجوان
این کشور در سده‌های ۹ و ۸ پیش از میلاد زیر سلطه دولت «اورارتو» قرارگرفت. در زمان پادشاهی «منوئه» (۸۱۰-۷۷۸ پیش از میلاد مسیح) لشکریان «اورارتو» با گذشتن از رود ارس به سوی شمال و جلگه ایروان تاختند. و قسمت‌هایی از این سرزمین را به تصرف خود در آوردند. «منوئه» برای حفظ نواحی تسخیر شده، در ساحل راست شمالی رود ارس نزدیک روستایی که اکنون به نام ترکی «داش‌بورون» معروف است مرکز اداری تأسیس کرد، و آن را «منوآهینیلی» MENUAHINILI نامید.
در سده هفتم پیش از میلاد بخشی از اراضی تابع دولتهای «ماننا» و ماد بود. ولی در سده هشتم پیش از میلاد بخشی از شاهنشاهی (امپراتوری) هخامنشیان شد. از آن پس فرمانروایان ارمنی از دودمان یرواندی بر نخجوان حکم راندند. و این کار با موافقت کوروش بزرگ پادشاه هخامنشی صورت گرفت
بعد از «یرواندیان» دودمان «ارتاشیان» و سپس اشکانیان بر نخجوان حکم‌فرامایی کردند و نخجوان بخشی از سرزمین اتورپاتکان شد. بعدها این سرزمین به دو گروه از «ناخارارهای» ارمنی تعلق یافت. شمال آن در اختیار دودمان «سیونی» و جنوب آن زیر فرمان دودمان «آرتسرونی» قرار گرفت.
در سده سوم میلادی نخجوان به همراه بخش شرقی قفقاز (آلبانیای قفقاز) تابع دولت ساسانی بود، و شاهان ساسانی مرزبانانی بر این سرزمین می‌گماردند. در پیکارهای میان دولتهای ایران و روم و بعدها ایران و بیزانس، نخجوان بارها مورد تاخت وتاز قرار گرفت در این سرزمین آتشکده‌های متعددی وجود داشته‌است. و در این حین کلیساهایی نیز درآن منطقه بناگردید. از آثار بجای مانده از آن زمان می‌توان دریافت که زرتشتیان و مسیحیان درکنار یکدیگر زندگی می‌کردند
ین جمهوری خودمختار براساس معاهده ترکمنچای در سال ۱۸۱۸ میلادی از ایران، و در سال ۱۹۱۸ میلادی توسط ارمنی‌ها از خاک جمهوری آذربایجان جدا گردید اما با اعلام خودمختاری در ترکیب جمهوری آذربایجان قرار گرفته‌است. بعد از فروپاشی شوروی و آغاز جنگ ارمنستان و آذربایجان، ارتباط زمینی نخجوان با باکو قطع شد.
